改变阵容的核心在于精准识别当前战斗阶段的短板并针对性替换角色，这要求玩家首先明确自身阵容在输出、生存或控制哪一方面存在不足，例如高爆发型角色适合快速解决战斗，而辅助型角色能增强团队续航，合理的技能连招搭配可以最大化伤害，同时注意控制效果的限制能力，面对不同敌人时阵容需要灵活变化，例如鬼鲛这类高伤害对手需要高防御或治疗角色应对。
在忍者选择上应优先考虑具备高攻击力、良好生存能力和流畅连招机制的角色，例如天道超、宇智波鼬等，他们在远程输出和控制方面表现突出，能有效应对晓觉醒阶段的高强度战斗，同时高爆发或高灵活性的忍者如晓鼬、佩恩等在连招和控制方面也有优异表现，选择时需确保队伍的职业平衡，比如至少配备一名治疗和一名控制角色以应对多变战局。
进入战斗后阵容的实时调整依赖于对敌人行动模式的观察与预判，实战中站位和技能释放顺序同样关键，输出角色应避免开场被集火，辅助角色则需要及时补位，遇到高强度BOSS时可以考虑牺牲部分输出来换取生存能力，例如替换一个输出位为坦克角色，同时要重点掌握替身时机和技能冷却管理，通灵兽的释放时机尤为关键，例如可在敌方替身后用于封锁走位。
为长期应对挑战，资源需要集中管理以优化阵容深度，优先将资源投入核心忍者的碎片招募和装备强化，避免分散培养导致战力平庸，觉醒材料尽量集中使用，确保能快速提升主力角色的等级和装备品质，如果暂时无法获得理想角色，可以先用低配过渡阵容，但核心思路仍是围绕培养一到两名核心输出角色，确保能在短时间内打出爆发伤害。
