部分神兽需要通过完成三次特定挑战才能获得或进阶，这些挑战通常设计为阶段性战斗或任务流程。其中明确涉及三次挑战机制的神兽包括超级神鸡、超级泡泡、超级神羊以及部分生肖神兽如超级神龙。这些神兽的获取或进阶过程往往与游戏内的重要活动或剧情任务绑定，需要玩家投入一定时间和资源完成前置条件。
超级神鸡的挑战分为初阶、中阶和高阶三个阶段，每个阶段对应不同的战斗难度和任务要求。初阶挑战主要测试玩家基础战斗能力，中阶加入特殊机制如限时击杀或保护NPC，高阶则考验团队配合与战术执行。类似地，超级泡泡的获取需要通过清泽谱之惠剧情任务的三次不同难度战斗，其中第三次战斗需击败天牢守卫并完成后续剧情。部分神兽如超级神羊的挑战存在周次数限制，每周最多可尝试三次挑战机会。
从战斗机制来看，这些三次挑战通常遵循侦查-对峙-决战的递进式设计。第一阶段多为收集情报或击败守卫，第二阶段会出现神兽的分身或使者，最终阶段才是本体战斗。例如在超级神龙的挑战中，玩家需先在龙窟三层完成侦查任务，随后于凤巢二层进行对峙，最终在麒麟山展开决战。每次挑战成功后，系统会记录进度并解锁下一阶段，但失败后可能需要重新完成当前阶段的全部内容。
针对物理系神兽如超级神鸡，建议队伍配置双封系控制节奏；面对法系神兽如超级泡泡，则需要配备罗汉金钟等特技。部分挑战存在隐藏机制，比如第三次挑战时若能在前五回合内击倒主怪，可触发额外奖励。同时要注意，每次挑战消耗的物资包括三级药品、高级烹饪和临时符等，需要提前准备充足。
完成全部三次挑战后，玩家不仅能够获得对应神兽，还可解锁特殊成就和称谓。部分神兽如羽灵神在完成进阶挑战后，会额外开放技能强化选项，需要通过后续的神兽之翼任务继续提升。这些设定既保持了神兽获取的仪式感，也为玩家提供了持续的养成目标，是梦幻西游角色培养体系中颇具特色的内容模块。
