主力舰队的核心思路是构建攻防兼备的完整体系，需要兼顾前排抗伤、中后排输出以及功能性舰船的搭配。首先明确舰队定位分为五种：输出、防御、修复、防空和载机，一套完整的舰队至少要包含其中三种核心功能。前排优先选择防御能力强的舰船，比如奇美拉级或ST59战巡，它们能有效吸收伤害；中后排则配置高火力舰船如永恒风暴或卡利斯托，确保火力覆盖。注意舰船站位由蓝图固定，无法手动调整，但可以通过舰种选择间接控制战场序列。
指挥值分配是关键限制因素，九级基地前单舰队上限300，后期可提升至400。建议将高人口舰船如战巡、航母通过增援功能加入（最多5艘），避免直接编队占用过多指挥值。增援时需注意：曲速航行中的舰队被增援后会转为普通航行，因此要提前规划航线。平民玩家可重点培养免费获取的FG300装甲型护卫舰、CAS066巡洋舰等性价比舰船，它们在前中期能承担主力职责。
舰船移动速度直接影响战术执行，主力舰队通常以慢速舰为核心（400-500速），配合高速护卫舰（800+速）组成快速响应分队。战斗中包夹战术尤为重要——高速舰队可无视敌方前排直接攻击中后排，但要注意全队速度由最慢舰船决定。防空舰和载机舰根据敌方配置灵活调整，若对方航母较多，可优先编入载有防空战机的母舰。维修船在后期作用有限，建议仅在PVE时编入。
